La chiesa in stile gotico e coeva alla chiesa dell’Annunziata, fu costruita non solo per il culto cristiano, ma anche per accogliere le tombe della famiglia Caetani. Don Rodrigo Caetani, spinto dalla venerazione per S Francesco e Maria SS, volle infatti realizzare, intorno alla fine del XIII secolo, un grande convento con chiesa annessa. Il convento fu per sei secoli centro di attività religiosa e assistenziale; dal 1806 fino al 1858, con l’espulsione napoleonica, il convento divenne per qualche tempo ospedale e dal 1866, con la confisca da parte del governo italiano (legge Rattazzi), fu trasformato in palazzo comunale e carcere. Dell’antico convento è da rilevare il bel chiostro ad archi ogivali trecenteschi, oggi in parte chiusi, e il portale marmoreo cinquecentesco. Particolare menzione merita un affresco sito nella chiesa, del 1378, di autore ignoto, rappresentante la Madonna col bambino, avente alla destra S Giovanni Evangelista e alla sinistra S Francesco d’Assisi. Questa sacra effige ha assunto nel tempo il titolo di “Madonna delle Grazie”, patrona principale di Minturno.